Auch seine Regeneration verläuft nicht ohne Schwierigkeit, besonders beeinträchtigt wird sie allerdings durch die schweren Schäden an Bord der TARDIS, die dabei verursacht werden. Schließlich stürzt die TARDIS ab. Stark verwirrt und seiner eigenen Vorlieben noch nicht bewusst, bekommt er Hilfe von der 8 jährigen Amelia Pond, die ihm trotz seiner Verfassung zeigt, was für diese elfte Inkarnation des Doctors richtig ist.
Außerdem ist dem Mädchen ein Riss in ihrem Kinderzimmer aufgefallen, der vom Doctor als eine Spalte im Raum und Zeit identifiziert wird. Doch dafür hat er wegen seiner gerade stattgefundenen Regeneration und der stark beschädigten TARDIS keine Zeit dem nachzugehen, weshalb er eigentlich nur kurz mit der TARDIS de-materialisieren will, um dann in 5 Minuten wieder zu kommen, doch daraus werden 12 Jahre, die dem Doctor aber wie 5 Minuten vorkommen.
Hier erkennt er dann, dass durch den Spalt ein gefährlicher Verbrecher aus einem Gefängnis entkommen konnte. Nachdem der Doctor den Gefangenen den Wärtern des Gefängnisses zurücküberstellt hat, erkennt er, das der Spalt nicht von dem Gefangenen verursacht wurde und das der Spalt eine ernstzunehmende Gefahr für das Universum darstellt, da alles das mit dem Spalt in Berührung kommt, aus der Geschichte des Universums gelöscht wird.
Bei einem späteren Treffen des Doctors auf den Spalt, greift er hinein, in der Hoffnung herauszubekommen, was dahinter ist, wobei er tatsächlich etwas findet... ein Stück der TARDIS-Türe. Es wird deutlich, dass der Spalt in Raum und Zeit durch ein Phänomen verursacht wird, der am 26. 6. 2010 stattfinden wird und dieses wird die TARDIS zur Explosion bringen.
Auch die Völker des Universums erfahren davon und bilden eine Allianz, um das zu verhindern. Sie denken das der Doctor dafür verantwortlich ist, daher versuchen sie ihn in einer Vorrichtung namens Pandorica Box zu fangen, doch es ist nicht der Doctor, der die TARDIS in die Katastrophe fliegt, sondern River Song.
Das Universum wird zerstört, indem alle Sterne in den Spalt gezogen werden und dadurch nie existiert haben. Nur die Erde existiert noch, da die verglühende TARDIS die Rolle der Sonne übernimmt und den Planeten erwärmt. Der Doctor entscheidet mit Hilfe der Pandorica, den Resten der TARDIS und Rivers Time Vortex Manipulators den Urknall noch einmal neu zu erzeugen. Dadurch werden alle Spalten geschlossen, so dass sie nie existiert haben und der Doctor wird dabei auf der anderen Seite des Spaltes gefangen.
Allerdings kann er vorher noch bei seiner Begleiterin Amy etwas in ihre Erinnerung pflanzen, das resistent gegen den Neustart des Universums ist, und durch die Hilfe von River gelingt es Amy dann sich doch wieder an den Doctor zu erinnern und ihn in das Universum zurückzuholen.
Auch wenn faktisch nichts während des letzten Jahres passiert ist, nimmt der Doctor Amy und deren Ehemann Rory wieder mit auf seine Reisen.
Doch durch das Eingreifen des Doctors in diverse Ereignisse bildet sich ein religiöser Kult, der sich als "The Silence" bezeichnet, und ihr primäres Ziel ist die Tötung des Doctors. Dazu entführen sie Amys Tochter direkt nach deren Geburt und konditionieren sie so, dass sie den Doctor später, als Erwachsene versucht, zu töten, doch dieser Doctor ist eine ältere Version von ihm, wodurch er gewarnt ist und dann zum Zeitpunkt der Tat einen gestaltverändernden Tesselector Roboter benutzt, den er in miniaturisierter Form steuert.
Aber aus diesem Vorfall will der Doctor eine Lehre ziehen und einen Schritt zurück in die Schatten machen um durch seine Taten nicht mehr aufzufallen. Dabei hilft ihm ein Zwischenfall im Dalek Asylum, wo eine Frau zu einem Dalek assimiliert wurde, und dadurch sämtliche Informationen über den Doctor aus den Datenbanken der Daleks löschen konnte.
Später merkt er, dass er diese dort gestorbenen Frau, Clara Oswin Oswald wiederbegegnet ist und um herauszufinden wie das möglich sein kann, nimmt er eine Gegenwertige Clara als Begleiterin mit, doch erst als er im Kampf gegen die Große Intelligenz gezwungen wird, nach Trenzalore zu reisen, dem Planeten, auf dem er begraben liegt, findet er heraus, wieso es Clara mehrfach gibt.
Um den Doctor zu beschützten, kreuzt sie dessen Zeitstrom und wird dabei in viel Teile zerrissen, welche sich durch Raum und Zeit verteilen, nur mit dem Zweck, den Doctor zu retten. Nachdem der Plan der Großen Intelligenz durch Claras tat vereitelt war, kreuzte der Doctor selber seinen eigenen Zeitstrom um sie aus der Einöde zurückzuholen, welche sich jenseits des Stroms befindet.
Das Moment, eine Gewaltige Waffe aus dem Omega Arsenal von Gallifrey, welches ein eigenes Bewusstsein besitzt und vom Kriegs-Doctor zum Beenden des Zeitkrieges eingesetzt wurde, erzeugt einige Zeit später einen Spalt, wodurch der elfte Doctor zu seiner direkten vorangegangen Inkarnation transportiert wird, wo dann kurze danach auch der Kriegs-Doctor auf ähnliche Weiße erscheint. Sie reisen dann zurück nach Gallifrey, kurz bevor dieses zerstört wird und finden gemeinsam einen Weg das Unausweichliche zu ändern. Anstatt den Planeten zusammen mit den Daleks zu verbrennen, frieren sie ihn in diesem Moment ein und versetzten ihn in ein paralleles Taschenuniversum, wo er für immer unerreichbar sein sollte.
Durch das plötzliche verschwinden des Planeten zerstören die Daleks sich durch ihr eigenes Dauerfeuer selber.
Nachdem die Inkarnationen des Doctors in ihre eigenen Zeitlinien zurückgekehrt sind, vergessen sie allerdings alles, was sie getan haben, um ihre Zeitlinie zu bewahren. Nur der elfte Doctor weiß noch, das Gallifrey nicht zerstört wurde und begibt sich nun auf die Suche danach.