Seine Regeneration läuft wieder einmal problematisch ab. Er schafft es gerade noch, die TARDIS und seine Begleiterin Rose zur Erde zu bringen, bevor er in ein Koma fällt. Dieses dauert ein paar Tage, und er erwacht gerade noch rechtzeitig, um die Eroberungspläne der Sycorax zu vereiteln. Hierbei verliert er zwar eine Hand, doch da er sich noch in den ersten Stunden seiner letzten Regeneration befindet, ist noch genügend Energie in ihm, damit diese nachwachsen kann.
Dieser 10. Doctor ist eine durchaus gefühlvolle Regeneration, und er kleidet sich durchaus elegant mit einem Anzug. Anfangs ist dieser braun, später blau.
Er ist maßgeblich an der Gründung der der Geheimorganisation "Torchwood" beteiligt, nachdem er Königin Victoria vor einem Werwolf retten konnte.
Auch trifft er kurzzeitig einen seiner früheren Companions Sarah Jane Smith wider und er bekämpft die Cybermen aus einem Paralleluniversum.
Bei einer großen Schlacht, wo die Cybermen des Paralleluniversums in unser Universum eindringen, während gleichzeitig die Daleks versuchen, die Erde zu erobern, verliert er Rose, die in dem anderen Universum festsitzt, was ihn emotional schwer belastet.
Doch schon bald trifft er die junge angehende Ärztin Martha Jones, die ihn auch gleich beeindruckt, und daher bietet er ihr eine Reise mit der TARDIS an. So trifft der Doctor mit ihr auf William Shakespeare, verhindert die Weiterentwicklung der gefürchteten Daleks und begegnet seinem alten Widersacher, dem Master. Dieser nimmt ihn dann sogar für ein Jahr gefangen, während er die Erde beherrscht um ein neues Time Lord Imperium zu errichten.
Dem Doctor gelingt es dann aber mit Hilfe der mentalen Energie der Menschheit zu entkommen, die von Martha dazu gebracht wurde, ihnen zu helfen. Danach gelingt es ihm, den Master zu besiegen. Martha jedoch verlässt dann aber vorerst den Doctor, um wieder bei ihrer Familie zu bleiben und sich um ihre Gefühle, dem Doctor gegenüber, klar zu werden.
Der Doctor fliegt indessen weiter und rammt aus Versehen mit der TARDIS das Raumschiff Titanic, welches der irdischen Titanic nachgebaut worden ist. Das rissige Schiff wird, nachdem der Captain es absichtlich in die Flugbahn von Asteroiden gelenkt hat, schwer beschädigt und droht, auf die Erde zu stürzen. Dem Doctor gelingt im letzten Augenblick, dies zu verhindern.
Er nimmt danach einen "neuen" Companion auf, Donna Noble, die er bereits früher getroffen hat, die jedoch noch nicht mit wollte. Wie sich später herausstellt, waren diese beiden Treffen mit Donna kein Zufall sondern wurden von Dalek Caan arrangiert.
Durch einen Zwischenfall auf einer weit entfernen Welt entsteht ein weiblicher Klon des Doctors, der die physikalischen Eigenschaften eines Time-Lords trägt. Diese Time-Lady namens Jenny ist sozusagen die Tochter des Doctors, auch wenn sie nicht auf die "normale" Art entstanden ist. Jedoch scheint sie bei einem Feuergefecht ums Leben zu kommen und der Doctor reist mit der Annahme ab, dass sei tot sei. Doch da sie noch in den ersten Stunden ihrer Entstehung ist, ist noch genügend Energie in ihr für eine Heilung.
Bei einem Kampf gegen die Daleks wird er von einer der Dalek Waffen getroffen, wodurch eine weitere Regeneration eingeleitet wird. Es gelingt ihm allerdings diese nur soweit zu benutzen, damit seine Verletzungen geheilt werden, die übrige Energie leitet er in die von den Sycorax abgetrennte Hand.
Später wird der Doctor von Davros gefangen genommen und die Hand bleibt mit Donna an Bord der TARDIS zurück, welche Davros versucht zu zerstören. Bei diesen Erschütterungen an Bord verursacht Donna versehentlich die Vollendung der Regeneration, wodurch aus der Hand ein zweiter Doctor entsteht, jedoch werden dabei der die Regenerationsenergie des Doctor und Donna kurzzeitig vermischt, wodurch ein "Doctor-Donna" und eine "Donna-Doctor" entstehen. Beide sind halb Mensch und halb Time-Lord. Zusammen und durch die Verwirrung, dass es auf einmal 3 Doctoren gibt, gelingt es ihnen, die Pläne von Davros zu vereiteln und die Daleks zu vernichten.
Donna wird vom "echten" Doctor von der Time-Lord Hälfte durch eine Gedächtnisverlust "befreit" und nach Hause zurückgebracht, während der zweite Doctor mit Rose ins Paralleluniversum geht.
Der richtige und nun wieder einzige Doctor in diesem Universum reist danach alleine weiter.
Durch eine Prophezeiung der Ood wird der Doctor auf seinen nahen Tod aufmerksam gemacht. Als dann der Master wiederkehrt, denkt er, dass sein alter Erzfeind dafür verantwortlich ist, doch weder der Master, noch die für kurze Zeit zurückgekehrten Timelords sind dafür verantwortlich, sondern er selbst.
Der Doctor wird zur Regeneration gezwungen weil er seinen Freund Wilfred Mott aus einer Kammer befreit, die kurz davor stand, durch Radioaktivität verstrahlt zu werden. Dabei wird er selber der Strahlung ausgesetzt. Er kann sich noch von all seinen Freunden verabschieden, bevor er dann in der TARDIS in seine nächste Form regeneriert. Dabei wird auch die TARDIS schwer beschädigt.