Nach Ende des Zeitkrieges, in dem der Doctor sein eigenes Volk auslöschen musste, regeneriert der Kriegs-Doctor freiwillig in eine neue Form.
Der Charakter des 9. Doctors ist wieder fröhlich und humorvoll und im Gegensatz du seinen früheren Inkarnationen ist er diesmal sehr normal und trägt einfache, unauffällige Kleidung. Dennoch, durch den Untergang der Time Lords im letzten großen "Time War" gegen die Daleks, ist er auch verbittert. Dieser Krieg hat die dunkelsten Seiten des Doctors hervorgebracht, bei denen er rachsüchtig und blutrünstig ist.
Es fällt ihm sehr schwer, sich von der Vergangenheit zu lösen und sucht nun als Sühne dafür das Böse auf seinen Abenteuern, um es zu bekämpfen.
Überraschenderweise überlebte doch ein Dalek den "Time War" der bis ins Jahr 250.000 eine neue Armee zusammenstellen kann, um die bereits unterwanderte Erde anzugreifen und zu entvölkern. Als letzten Ausweg versucht der Doctor mit Hilfe einer Energiewelle, alles Leben im Sonnensystem auszulöschen, um die Daleks dabei ebenfalls zerstören zu können. Doch moralischen Grundsätze hindern hin am Ende daran, sie einzusetzen, und er muss zulassen, dass die Daleks das Universum übernehmen. Bevor das gesehen kann, taucht seine Begleiterin Rose auf, die eine Symbiose mit dem Herzen der TARDIS eingegangen ist. Durch einen Eingriff in den Zeitstrom veranlasst sie, dass sich alle Daleks auf ihren Schiffen und auf der Erde in ihre Atome auflösen und beendet damit den Time-War. Doch die Symbiose mit der TARDIS droht Rose zu töten, darum übernimmt der Doctor ihren Platz, was ihn zur nächsten Regeneration zwingt.