Bei dieser Regeneration lief nichts so, wie es normal ist. Der 6. Doctor neigte anfangs zu unkontrollierten Gewaltausbrüchen, die allerdings schnell wieder verschwanden, im Gegensatz zu seinen Gedächtnisstörungen, die sich über 2 Jahre ziehen.
Er hat einen eigenwilligen, bis hin zu sturem Charakter, der überheblich und selbstverliebt ist.
Diese Instabilitäten werden erst in der dritten Staffel, dem "Trial of a Time Lord"-Jahr besser, wo er der Doctor erneut vor Gericht gestellt wird.
Bei diesem Prozess wird eine Verschwörung im Hohen Rat der Time Lords offenbart, welcher für die Zerstörung der Erde in der Zukunft verantwortlich ist. Außerdem stellt sich heraus, dass der Ankläger eine spätere, böse, Regeneration des Doctors ist, der mit dem Hohen Rat paktiert um dessen Machenschaften zu vertuschen. Der Hohe Rat wird daraufhin vom Volk gewaltsam abgesetzt. Der Doctor wird als unschuldig erklärt und einen Posten im neuen Hohen rat angeboten, den er aber dankend ablehnt.
Die nächste Regeneration des Doctors wird nötig, nachdem die Rani, ein abtrünniger Time Lord, die TARDIS während des Fluges abschießt.