Amelia trifft den Doctor das erste Mal, als sie 8 Jahre alt ist im Jahre 1996. Sie hilft dem gerade frisch regenerierten elften Doctor, sich an seinen neuen Körper zu gewöhnen und sich zurecht zu finden.
Außerdem entdeckt sie in ihrem Kinderzimmer einen Spalt in Raum und Zeit, was wiederrum den Doctor beeindruckt, da der Spalt eigentlich wie ein normaler Riss in der Wand aussieht. Doch da die TARDIS durch seine Regeneration schwer beschädigt ist, will sich der Doctor zuerst um seine Zeitmaschine kümmern und verspricht Amelia in 5 Minuten zurückzukehren, woraus dann 12 Jahre werden, in denen sie auf ihn wartet.
Als der Doctor dann wieder kommt hilft sie, von den meisten nun als Amy angesprochen, ihm, einen entflohenen Straffgefangenen, der vor 12 Jahren durch den Riss kam, einzufangen. Danach schließet die TARDIS ihre Selbstreparaturen ab und der Doctor macht überstürzt einen kurzen Probeflug, während auf der Erde erneut 2 Jahre vergehen.
Erst jetzt, am 25.6.2010, Amy ist mittlerweile 22 Jahre alt, taucht der Doctor auf und bittet sie, ihn zu begleiten, wobei für ihn nur wenige Stunden seit seiner ersten Begegnung mit der 8 Jahre alten Amelia vergangen sind. Amy entschließt sich ihn zu begleiten, obwohl sie am nächsten Tag heiraten will.
Bei ihren Reisen mit dem Doctor stellt sich heraus, dass irgendetwas mit ihrem Gedächtnis nicht stimmt, sie kennt beispielsweise die Daleks nicht, obwohl diese im Jahr 2008 eine großangelegte Invasion auf der Erde durchgeführt hatten, wo Amy sie auf alle Fälle hätte kernen lernen müssen.
Der Doctor erfährt schließlich von ihren Heiratsplänen und holt auch ihren Verlobten, Rory Williams, in die TARDIS. Allerdings wird er kurze Zeit später getötet und in einen sich nun überall öffnenden Raum-Zeit Spalt gezogen, wodurch er aus der Geschichte gelöscht wird und Amy sich nicht mehr an ihn erinnern kann. Allerdings werden nur die Personen und Dinge aus der Zeit und den Gedächtnissen gelöscht, nicht aber was sie taten. Daher weiß Amy, das irgendetwas nicht richtig ist.
Um den Doctor in eine Falle zu locken, schließen sich alle höheren Völker des Universums zusammen, da sie denken, dass der Doctor für den Spalt verantwortlich ist. Dazu wird von den Autons eine Kopie von Rory angefertigt, der Amy erschießt. Durch die regenerierenden Fähigkeiten der Pandorica kann sie allerdings wiederbelebt werden.
Doch durch den Spalt in Raum und Zeit wird das Universum zerstört, weshalb der Doctor einen neuen Urknall verursacht. Der Doctor sitzt jedoch auf der falschen Seite des Spalts fest.
In der neuen Zeitlinie gab es den Spalt niemals, wodurch alle Ereignisse, die damit zusammen hängen, gelöscht und vergessen werden und Amy nichts mehr vom Doctor weiß. Allerdings existieren ihre Eltern wieder, die noch vor ihrem ersten Treffen mit dem Doctor vom Spalt aus der Geschichte gelöscht worden waren.
Auf ihrer Hochzeit mit Rory, die zeitlich nach ihren Reisen mit dem Doctor stattfindet, weiß Amy wieder, dass etwas nicht stimmt. Nach einem kleinen Hinweis durch River Song kommen ihre Erinnerungen an den Doctor zurück, wodurch es ihm gelingt, von der anderen Seite zurückzukehren.
Nach ihrer Hochzeit begleitet sie, zusammen mit ihrem Mann Rory, weiter den Doctor auf seinen Reisen, allerdings mit ein paar Pausen, in denen Amy auf der Erde und in ihrer Zeit ein eigenes Parfüm als Model bewirbt und erfolgreich verkauft.
Während ihrer Hochzeitsnacht mit Rory an Bord der TARDIS wird sie schwanger, doch davon bemerkt niemand etwas. Grund dafür ist, dass sie schon kurz danach von einer religiösen Sekte namens "The Silence" entführt wird, welche das Ziel hat, den Doctor zu töten. Diese ersetzen Amy durch einen aus Flesh bestehenden Doppelgänger. Amys Bewusstsein wird dabei in den Doppelgänger übertragen, während ihr Körper in einer dafür vorgesehen Vorrichtung liegt. Der Flesh-Körper ist allerdings nicht schwanger, darum vergehen 9 Monate, in denen es nur vereinzelte Anzeigen gibt, das etwas nicht stimmt.
Der Doctor erkennt es allerdings und nutzt die Zeit, um mehr herauszubekommen. Als die Geburt beginnt, zerstört der Doctor den Flesh Doppelgänger, damit Amy bei der Geburt ihrer Tochter bei Bewusstsein ist.
Der Doctor rettet Amy aus den Fängen von der Silence, doch das Baby, das Amy Melody getauft hat, wird verschleppt und obwohl der Doctor nach ihr sucht, kann er sie nicht finden. Aber River Song sagt ihr, dass sie die ältere Melody ist und das alles so gesehen musste. Dadurch kann sie Amy etwas beruhigen.
Es stellt sich heraus, das durch die Zeugung an Bord der TARDIs gewisse Time-Lord Fähigkeiten auf Melody übergegangen sind, darunter die Fähigkeit der Regeneration.
Erst, nachdem Amys und Rorys Jugendfreundin Mels sie zusammen mit dem Doctor in der TARDIS entführt, erkennt Amy, dass sie zusammen mit ihrer Tochter aufgewachsen ist. Als Mels kurz danach erschossen wird, wird Amy Zeuge von Mels Regeneration zu River Song.
Doch das Leben mit dem Doctor ist gefährlich, so sehr sogar das der Doctor das Schlimmste für Amy und Rory befürchtet. Daher setzt er sie nach einem weiteren Jahr wieder zuhause ab.
Der Doctor besuchte sie hin und wieder, aber bei einem kurzen Abstecher nach New York wird Amy zusammen mit ihrem Ehemann Rory durch die weinenden Engel in die Vergangenheit geschickt und da der Doctor ihren Grabstein gesehen hat, kann er sie nicht holen, ohne seine eigene Zeitlinie zu verändern.