Matthew wurde als Sohn eines Anwaltes geboren. Er besuchte die St. Wilfrid’s Primary School, West Sussex und die Shoreham Grammar School.
Seine erste TV Rolle bekam er dann 1980 als Schuljunge in der Produktion "To Serve them all my Says". Sofort danach gewann er das Casting für die Rolle des Adric in Doctor Who.
Waterhouse hat ein Buch geschrieben und ist Theaterschauspieler.