Der 12. Doctor ist streng, rücksichtslos, aber auch freundlich und verzeihend. Dies ist die erste Inkarnation des zweiten Regenerationszyklus des Doctors, welcher ihm von den Time Lords nach drängen von Clara Oswalds gegeben wurde.
Nachdem der 12. Doctor sicher war, dass Gallifrey den Time War überlebt hatte, wurde der er nicht mehr länger durch Schuldgefühle angebunden und wurde zu einem weniger liebenswürdigen Charakter. Er musste nicht mehr länger den Schmerz, als letzter seiner Art, ertragen und stellte daher seine eigene Güte infrage. In angespannter Situation verzichtete er daher oft auf Feingefühl und wurde bei Bedarf kalt und kalkulierend. Aber trotz seines rücksichtslosen Äußeren war der Doctor fürsorglich und einfühlsam, immer bemüht, anderen zu helfen, um nett zu sein.
Erst bei seinem ersten Kampf mit Missy konnte der Doctor seine moralische Kriese lösen und realisieren, das er einfach „Ein Idiot mit einer Kiste und einem Schraubenzieher“ war, der herumging und anderen half. Danach begann der Doctor seine hellere Seite deutlicher zu zeigen und eine engere Freundschaft mit Clara zu knüpfen. Nach ihrem Tod verbrachte er viereinhalb Milliarden Jahre in seinem Geständnis, um Gallifrey wegen Rassilons Sorge um den Hybrid zu erreichen.
Auf der Suche nach Rache brach der Doctor seinen eigenen Moralkodex und entfesselte seinen Zorn auf die Time Lords in einem letztlich vergeblichen Versuch, Clara zu retten. Er verlor seine Erinnerungen an sie als Strafe für seine rücksichtslosen Taten.
Nach einer letzten Wiedervereinigung mit River Song wurde der Doctor damit beauftragt, Missy in einem Gefängnis an der St Luke's University mit Nardole zu bewachen. Irgendwann in dieser Rolle begann er Bill Potts zu unterrichten, die bald sein Reisebegleiter wurde und Nardole schloss sich ihnen nach einer Invasion von Mönchen ebenfalls an.
Als Missy bei der Rehabilitation erkannte, dass Bill zu einem Cyberman wurde, ging Missy mit dem Master und Nardole musste zurückgelassen werden, nachdem der Doctor im Kampf gegen die Cybermen tödlich verwundet wurde.