Steven Moffat war schon in jungen Jahren ein treuer Anhänger von Doctor Who. Er besuchte die University of Glasgow, wo er einen Master in Englisch abschloss. Er war dort auch am Studentenfernsehsender beteiligt. Anschließend war Moffat drei Jahre lang als Englischlehrer an einer High School tätig und begann, Theaterstücke zu schreiben. In den späten Achtzigern lieferte sein Vater Bill Moffat der Produzentin Sandra Hastie die Idee für die Kinderserie Press Gang, unter der Bedingung, dass der jüngere Moffat die Möglichkeit erhielt, das Pilotdrehbuch zu schreiben. Hastie war von dem Ergebnis beeindruckt und Moffat war Autor der gesamten Serie von 1989 bis 1993. Das Schreiben von Drehbüchern wurde schnell zu seinem Vollzeitjob.
Moffat ließ sich vom Ende seiner Beziehung mit seiner Frau Maggie inspirieren, um die von der Kritik gefeierte Sitcom „Joking Apart“ zu entwickeln. Er schuf auch das kurzlebige Album Chalk und schrieb für „Stay Lucky“ und „Murder Most Horrid“. 1996 traf Moffat beim Edinburgh Festival die Produzentin Sue Vertue; Ihre Mutter war Terry Nations Agentin gewesen, als er die Daleks für Doctor Who erfand. Sie heirateten zwei Jahre später, Sohn Joshua wurde im Jahr 2000 geboren und Louis im Jahr 2002. 1996 war auch das Jahr, in dem Moffat seinen ersten professionellen Doctor Who-Auftrag erhielt, mit der chronologisch komplizierten Kurzgeschichte „Continuity Errors“ für „Decalog 3: Consequences“ von Virgin Publishing.
Dann, im Jahr 1999, motivierte Vertue ihren Mann, um das Drehbuch zu „The Curse Of Fatal Death“ zu schreiben, einer hochkarätigen Doctor Who-Parodie für die Wohltätigkeitsaktion Comic Relief, in der Rowan Atkinson und die ehemalige Press Gang-Hauptdarstellerin Julia Sawalha die Hauptrollen spielten. Im selben Jahr wurde Moffat eingeladen, zum Start der Doctor Who-Hörspielserie von Big Finish Productions beizutragen. Als er jedoch erfuhr, dass Paul McGann, der damalige Doktor, noch nicht beteiligt war, entschied er sich gegen eine Teilnahme.
Im Jahr 2000 erlangte Moffat im Fernsehen einen rasanten Bekanntheitsgrad, als er die bahnbrechende Sitcom „Coupling“ ins Leben rief, für die er auch erstmals als ausführender Produzent bekannt wurde. Anschließend erhielt Moffat den Auftrag für Russell T. Davies‘ Wiederaufnahme von „Doctor Who“ und steuerte 2005 zunächst die Episoden „The Empty Child / The Doctor Dances“ für Christopher Ecclestons „Neunten Doctor“ bei. Moffat engagierte sich weiterhin in jeder der drei Staffeln von David Tennant als Zehnter Doktor und entwickelte einen Ruf für zeitgemäße Handlungsstränge und unvergessliche Monster, insbesondere die Weeping Angels von Blink im Jahr 2007. Er schuf auch eine der beständigsten Nebenfiguren von Doctor Who in Form von River Song, gespielt von Alex Kingston welche in Silence In The Library / Forest Of The Dead aus dem Jahr 2008 eingeführt wurde. Abseits von Doctor Who entwickelte Moffat 2007 die Serie „Jekyll“ und startete eine geplante Filmtrilogie mit der beliebten Comicfigur Tim und Struppi für Regisseur Steven Spielberg.
Der Verlauf von Moffats Karriere änderte sich für immer, als Davies im Juli 2007 bekannt gab, dass er „Doctor Who“ verlassen wollte und wollte, dass Moffat seine Nachfolge als Showrunner antritt. Anfangs zögerte Moffat, aber schließlich nach langem Überlegen übernahm er 2010 das Programm mit „The Eleventh Hour“. Daher beschränkte sich seine Zusammenarbeit mit Spielberg auf „The Adventures Of Tim und Struppi“ aus dem Jahr 2011. Moffat besetzte den beispiellos jungen Matt Smith als Elften Doktor und entwickelte eine komplexe, mehrjährige Handlung rund um die mysteriöse Silence. Gleichzeitig schufen er und Doctor Who-Autor/Schauspieler Mark Gatiss ein weiteres Fernsehphänomen in Form von Sherlock, einer modernen Aktualisierung der Sherlock-Holmes-Krimi von Arthur Conan Doyle, die Benedict Cumberbatch zum Star machte.
Im Jahr 2013 oblag es Moffat, die Feierlichkeiten rund um den 50. Jahrestag von Doctor Who zu leiten. Der Druck war immens und Moffat fühlte sich in Selbstzweifeln versunken. Das Ergebnis war jedoch der überaus beliebte Film „The Day Of The Doctor“, für den er eine bisher unbekannte Inkarnation des Time Lords schuf, gespielt von der Schauspiellegende John Hurt. Seine Gelegenheit, für McGanns achten Doktor zu schreiben, ergab sich schließlich in Form des Online-Prequels The Night Of The Doctor. Moffat nahm auch einen Cameo-Auftritt in „The Five(ish) Doctors Reboot“ auf, Peter Davisons liebevoller Satire auf die Serie, und fungierte als ausführender Produzent von „An Adventure In Space And Time“, Gatiss‘ Doku-Drama über die frühen Tage von Doctor Who. Moffat besetzte dann den zwölften Doktor, als Peter Capaldi.
Während Capaldis Amtszeit betrat Moffat neue Wege, indem er Michelle Gomez‘ „Missy“ vorstellte. Als sich schließlich herausstellte, dass sie eine weibliche Inkarnation des Meisters war, wurde ein für alle Mal klar, dass das Geschlecht für die Regeneration des Time Lord keine Rolle spielt. Moffat forderte sich weiterhin mit ungewöhnlichen Erzählungen heraus, wie zum Beispiel „Heaven Sent“ aus dem Jahr 2015, in dem der Doktor und der wortlose Shroud im Wesentlichen die einzigen Charaktere waren. Aber er erwartete nun seinen eigenen Ausstieg von Doctor Who und er beabsichtigte, sich mit dem Weihnachtsspecial 2015, The Husbands Of River Song, zu verabschieden. Moffat stimmte jedoch zu, länger als geplant bei Doctor Who zu bleiben, um seinem Nachfolger Chris Chibnall die Zeit zu geben, die er brauchte, um andere Verpflichtungen abzuschließen.
Dies bedeutete, dass Moffat nicht nur die dritte Staffel des „Der zwölfte Doktor“ leitete, sondern 2016 auch ausführender Produzent des kurzlebigen Spin-offs „Class“ war. Im selben Jahr erhielt er aufgrund seiner Verdienste um das Fernsehdrama eine Auszeichnung als Officer of the Order of the British Empire. Wieder einmal weigerte sich Doctor Who, Moffat gehen zu lassen: Er ging nun davon aus, dass er zusammen mit Capaldi in „World Enough And Time / The Doctor Falls“ aus dem Jahr 2017 aussteigen zu können, doch als klar wurde, dass Chibnall nicht in der Lage sein würde, das diesjährige Weihnachtsspecial aufzunehmen, schlossen sich die beiden Männer zusammen und verlängerten ihre Präsenz um die Abschiedsepisode Twice Upon A Time. Moffats Abschied von Doctor Who war seine Romanverfilmung von „The Day Of The Doctor“, die 2018 bei BBC Books erschien.