Wir haben glaube ich schon ein paar Threads zu ähnlichen Fragen - der hier ist zum Beispiel ein guter Ausgangspunkt was die Boxsets der alten Folgen anbelangt:
DVD Sammelbox?
Eine ganz praktische Übersicht über alle DVD-Ausgaben (zumindest für UK/USA/Australien/Neuseeland) gibts bei Wikipedia: http://en.wikipedia.org/wiki/Doctor_Who_DVD_releases
Zum deutschen Boxset der ersten Staffel gibts auch einen Thread: Deutsche DVD Box Uncut - und sie ist doch geschnitten
Deine Frage zu beantworten ist grundsätzlich immer schwierig - The Beginning ist ein ganz guter Einstieg, weil es halt einfach der Anfang ist, allerdings tun sich manche Leute auch erstmal schwer mit dem Stil der Folgen, der sich ja doch von aktuellem Fernsehen ziemlich unterscheidet. Ich schlag deshalb immer vor, dass man sich einen Doctor aussuchen soll, der einem sympathisch vorkommt oder dessen Stories einen besonders ansprechen, und sich dann von da aus vorarbeiten soll. Viele der Stories sind ganz gut anschaubar, ohne dass man alles kennt, was vorher passiert ist, so dass man sich wirklich erstmal die Rosinen (und davon gibts eine ganze Menge 
) rauspicken kann, ohne etwas zu verpassen.
Bzgl. der Einheitlichkeit der Sammlung: Die britischen DVDs zur "Classic" Series sind alle einheitlich gestaltet, die einzelnen DVDs in den Papphüllen der Boxsets sehen also genauso aus wie die normalen Einzel-DVDs. Außerdem wurden bis vor kurzem (zumindest hab ich da leider schon länger kein reguläres Angebot gesehen) einige DVDs billiger verkauft - der einzige Unterschied zu den normalen Ausgaben war aber nur, dass um die normale Hülle noch eine blaue Papphülle war, ansonsten wars genau die gleiche Ausgabe.
Die einzige andere Hülle, die mir bisher untergekommen ist, ist die vom Spin-Off K9 and Company, das vor ein paar Wochen in einem Boxset veröffentlicht wurde und eigentlich ja auch gar nicht richtig in die Reihe gehört - aber 2Entertain hat das ganz nett gemacht und ein Wende-Cover gestaltet, das, wenn man es umdreht, fast genauso aussieht wie die der eigentlichen Who-Folgen.
) wirklich gut gelungen - der Überschallschrauber ist jedenfalls richtig schick und ich (nicht schlagen, bitte!) find auch das Siezen gar nicht soooo schlimm - obwohl ich vermutlich irgendwann recht bald zumindest vom Doctor zu Rose das Du genommen hätte. Obwohl man sich sowas natürlich auch für dramatischere Augenblicke aufheben kann